В центре сюжета молодая девушка по имени Кейт, которая еще не оправилась после нападения Годзиллы на Сан-Франциско и уже была потрясена ужасной новостью... Девушке приходится отправиться в далекое путешествие, чтобы разгадать...

В начале XVII века в Японии английский штурман Джон Блэкторн переживает крушение и оказывается в закрытой для европейцев стране восходящего солнца. В ней он проходит путь от пленника, находящегося на грани жизни и смерти, до...